Университет мұрағаты Д.Серікбаев атындағы ШҚМТУ тарихының құжаттамалық естелігінің негізгі сақтаушылық қоры болып табылады, онда № 686 ұлттық мұрағат қорының құжаттары және әлеуметтік-құқықтық сипаттағы құжаттар (қызметкерлер мен студенттердің жеке құрамы бойынша бұйрықтар, дербес есеп-шоттар, емтихандық тізімдемелер, студенттер мен қызметкерлердің жеке істері) бар. 

Мұрағаттың құрамы:

1. Мұрағат меңгерушісі – Расщупкина Наталья Николаевна

Ведомстволық мұрағаттың басты міндеттері:

• мұрағат туралы ережеде қаралған құрам бойынша мұрағатты құжаттармен жиынтықтылау;
• мұрағатта сақталатын құжаттардың сақталуын қамтамасыз ету, есепке алу, сапалы түрде өңдеу, іріктеу және пайдалану, сондай-ақ мемлекеттік мұрағатпен белгіленген талаптарға сәйкес құжаттарды мемлекеттік сақталуға дайындау және табыстау;
• университеттің іс қағаздарын жүргізу ісіндегі құжаттарға, сондай-ақ мұрағат ісіне әдістемелік басшылық етуді және олардың ұйымдастырылу жағдайын тексеруді жүзеге асыру.