Университет бухгалтериясы университеттің дербес құрылымдық бөлімшесі болып табылады, және де тікелей ректорға бағынады. 

Бухгалтерия төмендегі нормативтік құжаттарды басшылыққа алады:

• Қазақстан Республикасының Конституциясын;
• Қазақстан Республикасының «Білім туралы» Заңын;
• Қазақстан Республикасының Еңбек Кодексін;
• Қазақстан Республикасының 2008 жылғы 10 желтоқсандағы № 99-IV ЗРК Заңымен қабылданған Қазақстан Республикасының «Бюджетке төленетін салық және басқа да міндетті төлемдер» Кодексін (салық кодексі);
• Қазақстан Республикасының 2007 жылғы 28 ақпандағы №234-III «Бухгалтерлік есеп және қаржы есептемесі туралы» Заңын (өзгертулері мен толықтырулары бар);
• Қазақстан Республикасының 2011 жылғы 01 наурыздағы №413-IV ЗРК «Мемлекеттік мүлік туралы» Заңын (өзгертулері мен толықтырулары бар);
• Қазақстан Республикасының 2015 жылғы 04 желтоқсандағы № 434-V ЗРК «Мемлекеттік сатып алу туралы» Заңын (өзгертулері мен толықтырулары бар); 
• Университет Жарғысын;
• Халықаралық қаржы есептемесі стандарттарын (МҚЕС);
• МҚЕС-на берілген әдістемелік ұсыныстарды;
• университеттің Есеп саясатын;
• бухгалтерлік есепті ұйымдастыру, қаржы, салықтар, мемлекеттік сатып алу жөніндегі нұсқауларды, нұсқаулықтарды, бұйрықтарды;
• Уәкілетті органның бұйрықтары мен нұсқаулық материалдарын;
• ректордың бұйрықтары мен өкімдерін;
• өзге нормативтік құжаттарды.